2006 முதல் 2011-ம் ஆண்டு திமுக ஆட்சியில் உயர்கல்வித்துறை அமைச்சராக இருந்த பொன்முடி வருமானத்திற்கு அதிகமாக சொத்து குவித்ததாக வழக்குப்பதிவு செய்யப்பட்டது. அதன் மீதான மேல்முறையீட்டு மனுவில் அமைச்சர் பொன்முடி மற்றும் அவரது மனைவி வருமானத்திற்கு அதிகமாக ரூ.1.72 கோடி அளவுக்கு சொத்து குவித்ததாக கூறி இருவரையும் குற்றவாளிகள் என தீர்ப்பளித்துள்ளது.
வருமானத்துக்கு அதிகமாக சொத்து சேர்த்த வழக்கில் இன்று தீர்ப்பு வழங்கப்படும் என தெரிவித்த நிலையில், அமைச்சர் பொன்முடி காலையிலே அவரின் காரில் இருந் தேசிய கொடியை கழட்டிவிட்டு சென்னை உயர் நீதிமன்றம் வந்த நிலையில் நீதிபதி ஜெயச்சந்திரன் முன்பு பொன்முடி மற்றும் அவரது மனைவி விசாலாட்சி ஆஜரான நிலையில், அப்போது தண்டனை குறித்து இருவரிடமும் நீதிபதி கேட்டுள்ளார். அதற்கு தங்களது வயதை கருத்தில் கொண்டு குறைந்தபட்ச தண்டனையை வழங்க வேண்டும் என கேட்டுக் கொண்டுள்ளனர். மேலும், இருவரும் தனித்தனியாக தங்களது உடல்நிலை பாதிப்பு குறித்து மருத்துவ அறிக்கையை சமர்ப்பித்தனர். இருந்தபோதிலும் இருவருக்கும் தலா 3 ஆண்டுகள் சிறை தண்டனையும், அபராதமாக தலா ரூ. 50 லட்சமும் விதித்து நீதிபதி ஜெயச்சந்திரன் தீர்ப்பளித்துள்ளார். அமைச்சர் பொன்முடியின் தண்டனை 30 நாட்களுக்கு நிறுத்தி வைக்கப்பட்டுள்ளது. அமைச்சர் மேல்முறையீடு செய்ய இருப்பதால் தண்டனை நிறுத்தி வைக்கப்பட்டுள்ளது.
இந்த செய்தி கேட்ட திமுக அரவலயம் மொத்தமும் சோகத்தில் உள்ளது. மூத்த அமைச்சர் ஒருவர் இப்படி சிக்கும் நேரத்தில் முதலமைச்சர் எந்த வித கருத்தும் தெரிவிக்காமல் இருந்து வருகிறார் என திமுக கூடாரமே வருத்தத்தில் உள்ளது. குறிப்பாக செந்தில்பாலாஜி சிறைக்கு சென்ற போது அவரை வெளியில் கொண்டுவர மும்முரம் காடியில் திமுக வழக்கறிஞர்கள் இப்போதும் அதையே தான் பொன்முடி வழக்கிற்கும் கூறுவதாக வருத்தத்தில் உள்ளனர். பொன்முடி உச்ச நீதிமன்றம் சென்று மேல் முறையீடு செய்ய ஒரு மாத காலம் அவகாசம் கொடுத்த நிலையில், இங்கு அவரின் பதவி வேறு அமைச்சருக்கு ஒதுக்கப்பட்டுள்ளது. மேலும், பொன்முடியின் சட்டமன்றத்திற்கு இடைத்தேர்தல் நடத்த ஆலோசனையில் திமுக அரசு இறங்கியுள்ளதாக கூறப்படுகிறது.
இந்த நிலையில் பொன்முடி மருத்துவ காரணத்தை கூறி உச்சநீதிமன்றம் சென்றாலும், அங்கும் இதே தீர்ப்பு தான் வரக்கூடும் எனவே அரசியல் வாழ்க்கை முடிவடைந்து விட்டதாக கூறி அவரது மகனும் நாடாளுமன்ற பதவி வரும் காலத்தில் பறிக்கப்படலாம் என அரசியல் விமர்சகர்களால் கூறப்படுகிறது.